Das wird Dir vermutlich niemand so wirklich erklären können weil das leider eher nach dem “Zufallsprinzip” funktioniert. 
Bei der Ersteinrichtung von Z2M sollte es damit eigentlich kein Problem geben und alle Eingaben die man im WebGUI vornimmt werden auch in die Z2M configuration.yaml übernommen. Zumindest habe ich das hier bei mir in den letzten Jahren und bei div. Neuinstallationen von HA und Z2M, noch nicht anders erlebt. Alles was dann danach kommt, sprich wenn Z2M schon mal kompl. eingerichtet wurde und z.B. auch irgendwelche HA und/oder Z2M Updates installiert wurden, funktioniert dann eher - wie schon gesagt - nach dem Zufallsprinzip. Mal werden Einstellungen übernommen und mal nicht.
Was Du da jetzt bei Dir für ein Supervisor Problem hast kann ich Dir so leider auch nicht sagen.
Edit: Ggf. das:
VG Jim