Wie bereits “angedroht” poste ich dann hier auch noch ein wenig dazu. 
Erst einmal ein paar Infos zu dem Aufbau meines Zigbee Mesh:
- EFH (Holzständerbauweise) mit EG und OG.
- SLZB-06 im EG auf dem Flur und mit Z2M im Betrieb.
- Bis vor einer Wochen hatte ich hier nur acht Plugs (Lidl und NoName), zehn Tür-/Fenstersensoren (Lidl) und einen Bewegungsmelder (Develco) im Einsatz. Vor rund einer Wochen sind dann noch acht NoName Plugs hinzugekommen, sodass hier jetzt 16 Plugs und somit 16 Zigbee Router im Einsatz sind. Sechs Plugs sind jetzt im OG und alle anderen Plugs und die restlichen Zigbee Devices sind alle im EG. Ein Plug (Lidl_Plug1_Werkstatt) und ein Tür-/Fenstersensor sind sogar in einem Hausanbau, sprich meiner Werkstatt. Die Werkstatt hat eine Metall-/Blechtür.
Komme ich erst einmal zu der Z2M Karte: Ja die kann ganz hilfreich sein, aber eher als grobe Orientierung weil sie nicht wirklich alles korrekt anzeigt. Als Beispiel mal zwei Screenshot der Karte die ich eben gemacht habe:
Angeblich hat der Au_Plug_1_XT8Flur gar keine Verbindung zu dem Zigbee Mesh. Lasse ich mir dann aber noch einmal die Karte mit IsASibling anzeigen werden für den Au_Plug_1_XT8Flur plötzlich Routen zum Coordinator und zu anderen Routern angezeigt.
Was ich damit sagen will: Man sollte sich nicht darauf verlassen was einem bei der Z2M Karte angezeigt wird. Weder was die Router, noch was die LQI-Werte betrifft.
Dann zu den LQI-Werten die Du auf der Benutzeroberfläche von Z2M siehst. Diese Werte dort kann man als Orientierung nutzen wenn ein Gerät über den Coordinator angelernt wird, aber für mehr auch nicht. Wenn dort einstellige Werte, oder sogar eine Null auftaucht, kann das z.B. daran liegen das ein Gerät über einen Router angelernt wurde. Sagt aber zu den tatsächlich bestehenden LQI-Werten leider gar nichts aus.
Auch zu den LQI-Werten die man auf der Z2M Benutzeroberfläche sieht ein Beispiel. Für den Plug NN_Plug_3_NUC wird mir dort ein Wert von nur 14 angezeigt
tatsächlich sehen seine Werte aber z.B. so aus.
D.h. es gibt im Mesh zu dem NN_Plug_3_NUC lt. Anzeige auch Verbindungen mit dreistelligen LQI-Werten.
Fazit zu irgendwelchen angezeigten LQI-Werten: Zwar nice to have aber max. als grobe Orientierung zu gebrauchen. Was leider einzig und allein zählt ist ob es bei irgendwelchen Zigbee Geräten zu irgendwelchen Problemen kommt die ggf. auf eine schlechte Verbindung im Mesh zurückzuführen sind, oder sein könnte.
Wobei wir dann bei Deinen Problemen wären, 
die es ja bei Dir gibt. Zuerst noch eine Frage: Was genau bedeutet das?
Gibt es bei Dir neben dem SLZB-06 Mesh noch ein weiteres Mesh per Hue Bridge/Gateway? Falls ja wäre das natürlich eine potentielle Fehlerquelle. Mehrere Zigbee Mesh sollte man tunlichst vermeiden und nur bei/für ganz spezielle Zwecken nutzen und auch dann nur wenn man genau weiß was man da tut.
Dann noch etwas dazu:
Das sollte dann mit dem SLZB-06 auch nicht anders sein da der Conbee II garantiert keine bessere oder stärkere Sende- und Empfangsleistung hat wie der SLZB-06.
Auf das Thema Zigbee und WLAN Kanäle gehe ich hier jetzt nicht weiter ein da Du Dich damit ja scheinbar schon selber befasst hast und dann am besten wissen solltest was Du bei Dir wie einrichten solltest.
Dann bleiben eigentlich nur noch ein paar allgmeine Infos über:
- Nicht jedes Zigbee Gerät funktioniert mit Z2M gleich gut wie mit deCONZ und umgekehrt. D.h. es kann immer wieder vorkommen das irgendwelche Geräte - warum auch immer - mal mit deCONZ oder mal auch mit Z2M “herumzicken”. Ob das ggf. Geräte betrifft die man selber einsetzt kann man nur durch viel ausprobieren und ggf. lesen von anderen User-Erfahrungen zu dem Thema, herausbekommen.
- Es gibt Geräte die sich ggf. nur am Coordinator direkt und am besten, anlernen lassen. Auch das ist etwas was man durch ausprobieren und lesen von Erfahrungswerten nur herausbekommen kann. Grundsätzlich fange ich mit einem neuen Zigbee Gerät immer so an das ich dieses zuerst möglichst am Coordinator selber anlerne und es erst dann an seinen eigentlichen Einsatzort bringe. Von da aus sorgt dann das Zigbee Mesh schon selbstständig dafür passende Routen zu finden. BTW passende Routen: Im Zigbee Mesh wird nicht automatisch immer die stärkste Verbindung benutzt, sondern eine die ausreichend ist.
- Ich an Deiner Stelle würde vermutlich noch mal einen sauberen Neuanfang versuchen. Ich weiß allerdings nicht um wie viele Zigee Geräte es bei Dir in Summe geht und wie aufwendig das dann ggf. wird. D.h. ausschließlich den SLZB-06 für Zigbee nutzen und dann alle vorhandenen Zigbee Geräte daran neu anlernen. Sollte es bereits dabei zu einem Verbindungsproblem bei einem Gerät kommen im I-Net suchen ob dazu ggf. schon etwas bekannt ist und es ggf. ein Lösung dafür gibt. Wenn dann ein Gerät am SLZB-06 angelernt wurde es zu seinem tatsächlichen Einsatzort bringen. Nachdem dann alle Geräte angelernt wurden dem Zigbee Mesh mal einen Tag Zeit lassen bis es selbstständig und endgültig die Routen gefunden auf aufgebaut hat die scheinbar sinnvoll sind. Sollte es dann mit irgendwelchen Routen ggf. zu Problemen kommen einfach noch einmal das Gerät kurz von Mesh trennen, sprich z.B. Plug aus der Steckdose nehmen und dann wieder neu anschließen. Ggf. hat sich der Plug dann eine andere Route gesucht die ggf. besser/stabiler ist.
Zum Schluß vielleicht noch etwas zu meinem Aufbau: Als ich mit Zigbee angefangen habe hatte ich hier gerade mal den Sonoff Dongle-P im Arbeitszimmer im OG und einen Lidl Plug in der Küche im EG. Trotzdem hatte ich hier zu allen Tür-/Fensterkontakten im EG eine ausreichend gute Zigbee Verbindung. Nur zu dem Tür-/Fensterkontakten in der Werkstatt hinter der Metall-/Blechtür hat es nicht mehr gereicht. Dann kamen drei weitere Lidl Plugs hinzu und auch der Tür-/Fensterkontakten in der Werkstatt war dann bereits im Mesh vorhanden. Alles was danach an zusätzlich Plugs noch hinzukam wäre nicht wirlich notwendig gewesen, aber hat natürlich das Mesh entsprechend ausgebaut und verstärkt.
Ich kenne natürlich jetzt nicht Deine Örtlichkeiten, aber wenn es vorher mit dem Conbee II zu keinerlei Problemen gekommen ist, dann kann und darf das mit dem SLZB-06 gar nicht anders sein. Es sei denn der hätte ggf. einen Defekt.
Eine einfache Patentlösung wie Du das Problem jetzt einfach und schnell gelöst bekommst kann ich Dir allerdings auch nicht liefern. Wie gesagt würde ich noch einmal einen sauberen Neuanfang machen.
Edit: Was mir gerade noch einfallen ist. Du hast oben ja erwähnt das Du Z2M in einer Debian VM installierst hast. Auch wenn ich davon ausgehe das Du Dich dann damit vermutlich auskennst, solltest Du natürlich auch klären ob das dann auch alles einwandfrei funktioniert, sprich nicht das es da ggf. zu irgendwelchen LAN-Problemen kommt, die ggf. zu irgendwelchen Verbindungsabbrüchen/-aussetzern zwischen SLZB-06, Z2M, MQTT führen. Was wiederum dazu führen kann das Dein Zigbee Mesh ggf. immer mal wieder zusammenbricht. Den Conbee II hattest Du ja per USB verbunden und eingebunden.
VG Jim