Wenn Du 2 OTBR mit Home Assistant betreiben willst musst Du auch das OpenThread Border Router Add-On 2 mal installieren. Was nur über Umwege möglich ist.
Da das OTBR Add-on aus dem offizielen Store kommt, lässt sich dieser leider nicht mehrfach als Quelle hinzufügen, wie es bei den Custom Add-ons der Fall ist.
Du könntest Dir aber die aktuelle Version herunterladen und im Ordner addons abspeichern, siehe dazu das Bsp. von ZigBee2MQTT
Ob das aber auch funktioniert, bin ich überfragt. Ggf. kannst OpenThread Border Router auch als LXC in Proxmox laufen lassen.
Aber Dir reicht doch ein OTBR völlig aus. Das Thread Mesh bildest Du über strombetriebene Thread Geräte, wie es bei Z-Wave oder ZigBee der Fall ist