Hallo @Robert,
Ist es sinnvoll, die Netzwerke stockweise aufzuteilen?
Wenn du schreibst, dass du bei rund 100 Geräten bist, vielleicht schon - ich persönlich habe mit so vielen Geräten noch keine Erfahrungen, aber vielleicht findest du ja hier noch ein paar mehr Infos.
Welche Vorteile/Nachteile hat diese Konfiguration?
Vorteil ist sicherlich, dass du die Stockwerke und Nutzer gut voneinander trennen kannst ggf. mit eigenen Dashboards etc.
Nachteil: Du kannst nur in deinem Master die eingebundenen Entitäten deines Slaves kontrollieren. Andersherum geht das meines Wissens nach nicht.
- Wie kann ich die beiden Instanzen optimal miteinander verbinden? ist das HACS Addone Pflicht ? oder geht das auch mit Yaml und in HAOS ohne das Addone ?
- Welche Erfahrungen habt ihr mit Remote Home Assistant gemacht?
Ich habe eine Remote-Instanz am laufen und benutze die seit rund einem Jahr ohne Probleme. Habe mich quasi 1:1 hier dran gehalten.
Gibt es Fallstricke, die ich bei der Konfiguration beachten muss?
Drei (Wohn-)Einheiten heißt auch drei WLAN-Netzwerke? Da solltest du mit der Kanalbelegung sowohl der WLAN-Netzwerke als auch der Zigbee-Netzwerke bzgl. Überlappungen aufpassen (siehe bspw. hier).
Das waren mal meine ersten Gedanken dazu 
Gruß
Daniel