Finde ich auch als die sinnvollste Art die YAML Konfiguration zu organisieren.
meinen configuration.yaml hat nur ein paar wenige Zeilen. 
Woran hat es denn gehapert?
In der configuration.yaml einfach diese Zeile Hinzufügen
homeassistant:
packages: !include_dir_named packages
Im /config Verzeichnis den Ordner packages erstellen.
Home Assistant Neustarten.
Danach kannst Du die die YAML Konfiguration auf verschiedene Dateien im Ordner packages aufteilen/ organisieren.
Gruß
Osorkon