Ich dachte den Punkt hätten wir in dem anderen Beitrag eigentlich schon “abgefrühstückt”. 
Ein Zigbee Gerät lässt sich nicht über zwei Z2M Instanzen/Installationen zeitgleich nutzen. Was Du machen kannst ist eine externe Z2M Installation und die darüber verbundenen Zigbee Geräte, z.B. für zwei HA Installationen nutzen. Außerdem kannst Du auch noch solche “Spielchen” machen.
Andere Möglichkeiten gibt es halt nicht und wie schon bei dem anderen Beitrag gepostet ist bei einem Hardware-Defekt, von dem Gerät auf dem Z2M dann läuft, auch Schicht im Schacht.
Oder um es mal anders zu sagen: Bei mir hier läuft Proxmox. Darunter dann mein produktives HA in einer VM und noch eine HA VM zu testen und spielen. Ich könnte jetzt bei beiden HA Installationen Z2M als Addon installieren und das ginge dann genau so in die Hose wie es bei Dir gegangen ist, eben weil dann zwei Z2M Installationen unter zwei HA VM, versuchen auf das gleiche Zigbee Gerät zuzugreifen und das funktioniert halt nicht weil sich das Zigbee Gerät bereits entweder mit der einen Z2M Installation, oder halt mit der anderen Z2M Installation, verbunden hat/wurde und dort angelernt wurde.
Was ich mache könnte wäre Z2M in einem LXC zu installieren, so wie es @dp20eic in dem anderen Beitrag bereits angesprochen hatte, und diese Z2M LXC Installation dann bei beiden HA VM einbinden und da nutzen, eben weil sich die Zigbee Geräte dann ja auch nur mit dieser einen Z2M LXC Installation verbunden haben und dort angelernt wurden.
Die einzige Variante die dem entspricht was Du Dir vorstellst wäre das 1:1 Clonen der Kiste auf der HA und Z2M als Addon läuft und darauf bin ich bei dem anderen Beitrag ja auch schon kurz eingegangen.
BTW: Das Theme mehrere Zigbee Installationen/Instanzen (parallel) war hier im Forum schon häufiger ein Thema.
VG Jim