Moin
Von dem gibt es zwei unterschiedliche Modelle und zwar den Dongle-P und den Dongle-E und beide müssen unterschiedlich für Z2M eingerichtet werden.
Dongle-P = Zstack
Dongle-E = Ember
Gut und ich hoffe mit Software meinst Du auch die Firmware von dem Dongle. Wenn Du die Firmware aktualisiert hast dann kannst Du hier ja sicherlich auch angeben welche Firmware in welcher Version Du dann auf dem Dongle installiert hast, denn auch davon gibt es unterschiedliche für unterschiedliche Einsatzzwecke.
OK vielleicht verständlich das man etwas anderes versucht wenn das Ursprüngliche vielleicht nicht funktioniert hat, aber am besten sollte man natürlich vorher wissen was man warum macht. 
Bei ZStack und Ember gibt es nur entweder oder, sprich das jeweilige Dongle-Modell funktioniert dann entweder mit ZStack oder mit Ember.
Wenn man jetzt mal davon ausgeht das Du ggf. einen Dongle-E haben solltest, dann finden sich die entsprechenden Infos die es bei der Einrichtung von Z2M zu beachten gilt dort
und die sehen dann so aus
Wenn auf dem Dongle dann eine passende Firmware-Version installiert ist, dann sollte der Z2M Onboarding-Prozess eigentlich ein “Kinderspiel” sein und all zu viel kann man dabei dann auch nicht mehr falsch machen. @maxe hatte hier ja schon meine (Kurz)Anleitung für den Z2M Onboarding-Prozess verlinkt und hier ist dann auch noch eine Variante bei der im ersten Teil die MQTT-Einrichtung und dann im zweiten Teil auch noch einmal die Einrichtung von Z2M per Onboarding-Prozess beschrieben wird.
Damit sollte Du die Einrichtung dann eigentlich hinbekommen.
Anm. 1: Da Du da jetzt schon irgendwelche Versuche mit ZStack und Ember gemacht hast, kann es jetzt durchaus sein das bei Z2M jetzt schon irgendwelche Dinge in der Z2M configuration.yaml abgespeichert wurden die gar nicht passen und die jetzt bei weiteren Einrichtungsversuchen dazu führen können/könnten das es zu weiteren/anderen Problemen und Fehlern kommt. Wenn es sich um eine Ersteinrichtung von Z2M handeln sollte wäre es ggf. sinnvoll noch einmal kompl. von vorne zu beginnen und das bedeutet das Du das Z2M Addon (jetzt App) einmal kompl. löscht. Incl. dem Z2M Ordner (oder zumindest dessen Inhalt) der sich dort /homeassistant/zigbee2mqtt befindet.
Anm. 2: Ob es aktuell ggf. ein Problem mit irgendeiner Firmware-Version eines Sonoff Dongle bei Z2M gibt weiß ich nicht, weil ich keinen Dongle von Sonoff nutze und somit natürlich auch nicht weiß was für unterschiedliche Firmware-Version da gerade so angeboten werden.
VG Jim