Weil ich nicht weiß, wer auf welchem Stand ist…
Domains müssen in IP Adressen aufgelöst werden, damit diese durch die Geräte aufgerufen werden können.
Dies tun die sog. Domain Name Server.
Ohne die korrekte IP zu einer Domain, kann der Browser oder ein anderes Gerät nichts aufrufen.
Browser fragt an → DNS antwortet → Browser ruft auf.
An der Stelle kommen dann AdBlocker wie AdGuard oder PiHole ins Spiel.
Diese haben sog. Blocklists, auf denen Domains stehen, die nicht aufgelöst werden sollen, weil darüber Werbung, Phishing oder anderes Material ausgespielt wird, dass nicht betrachtet / eingeblendet werden soll.
Also legt man den Blocker als seinen neuen DNS fest. Damit aber der Blocker weiß wie eine nicht gesperrte Domain aufgelöst werden soll, braucht er einen sog. UpStream DNS, den er nach der korrekten IP fragen kann.
Browser fragt Blocker an → Blocker prüft die Seite und stellt fest, dass diese nicht gesperrt werden soll → Blocker fragt Upstream nach korrekter IP → Blocker antwortet Browser.
Bei Domains die nicht geblockt sind also nur ein Umweg mehr. Meist im Millisekunden Bereich. Nicht dramatisch. Außerdem speichert der Blocker die Antwort meist zwischen.
Und bei einer gesperrten Seite…
Browser fragt Blocker an → Blocker prüft die Seite und stellt fest, dass sie auf einer Liste steht. → Blocker antwortet Browser, ohne korrekte Antwort.
Der Browser kann daher die Seite nicht aufrufen. Werbung kann also auch nicht geladen werden. Meist sind Seiten so gebaut, dass die im Falle einer nicht verfügbaren / ladenden Werbung entsprechend Platzhalter angezeigt werden aber keine Fehler entstehen.
Wenn allerdings Werbung von der selben Domain abgerufen wird wie der Inhalt selbst, funktioniert dies natürlich nicht mehr.
Wenn YouTube die gewünschten Videos über https://videos.youtube.com abruft, die Werbe Videos aber auch über diese Domain kommen, braucht es andere Techniken.
Eine Domain wie https://werbung.youtube.com könnte man jedoch problemlos blocken.
Wenn Du also zwei identische Listen hast, die sowohl durch pinole als auch AdGuard laufen, kann beim zweiten durchlauf nichts mehr geblockt werden, weil die vorher schon geblockt wurden.
Ich beziehe mich im übrigen auf AdGuard Home, nicht deren Cloud Dienste. 
Hoffe, dass es das etwas verdeutlicht.